Nikhef kent vele manieren van samenwerken, zowel nationaal als internationaal:
- Nikhef coördineert de Nederlandse activiteiten op het gebied van subatomaire fysica en heeft daartoe het Nikhef samenwerkingsverband opgericht.
- Internationaal is Nikhef de partner van een aantal grootschalige experimenten op het gebied van de deeltjes- en astrodeeltjesfysica.
Maar naast de pure wetenschap kent Nikhef een groot aantal manieren van samenwerking met Nederlandse industrie en startup bedrijven. Ook de missie van Nikhef onderstreept het belang van de kennis- en technologietransfer van de ontwikkelde innovatieve technologieën met andere partijen zoals de industrie, burgermaatschappij en het algemeen publiek. Dit resulteert in een aantal partners van Nikhef op het gebied van innovatie in instrumentatie, techniek en computing.