Nikhef zet een pakket nieuwe rekenclusters in de testfase eerst in voor rekenwerk aan het coronavirus. Het datacentrum biedt de extra rekenkracht aan aan het Rosetta@home project van de universiteit van Washington, dat eiwitstructuren ontrafelt met massaal rekenwerk.
In totaal worden dezer dagen vier kasten met ruim 3800 AMD-rekenkernen en 31 Terabyte werkgeheugen bijgeplaatst in het Nikhef-rekencentrum in Amsterdam, dat normaal voor de deeltjesfysica en berekeningen aan zwaartekrachtsgolven wordt gebruikt.
De Lenovo SR655 uitbreidingen, met onder meer ook veertien versnellerkaarten, lopen vooruit op de groeiende datastromen uit CERN, waar de Large Hadron Collider deeltjesversneller op termijn tienmaal zoveel gegevens gaat leveren.
Nikhef test voor die toekomstige datavloed nu al de benodigde computerinfrastructuur, die rekenkracht levert aan de Dutch National e-Infrastructuur. De nieuwe rekencapaciteit wordt gedurende die tests beschikbaar gesteld in de jaarlijkse ‘stampede’ van Dutch Power Cows, een team van ICT-platform Tweakers dat verspreide rekenkracht bundelt voor specifieke projecten.
Eerder werden in zulke stampedes rekenklussen voor het modelleren van het universum en bijvoorbeeld malaria uitgevoerd. In de huidige coronacrisis ligt een bijdrage aan het onderzoek naar de moleculaire structuren van het coronavirus voor de hand. Nikhef sprak eerder al uit daar graag aan mee te werken.
De afgelopen maanden rekenden honderden Nederlandse computergebruikers al mee aan corona via het folding@home-project, dat op de achtergrond de grafische kaarten van computers gebruikt om vouweigenschappen van eiwitten te berekenen. Daarbij wordt het bekende Boinc-platform gebruikt, dat pakketten berekeningen draait op computers wanneer die niet actief door de gebruiker worden gebruikt.
Het rosetta@home-programma doet iets vergelijkbaars met processoren (CPU’s) van computers. Het project van het Baker Laboratory in Washington haalde onlangs het nieuws met het model een belangrijk corona-eiwit dat daarna ook in het lab kon worden aangetoond. Daaraan hadden honderden deelnemers samen gerekend.
Dutch Power Cows doet de hele maand april mee met dit project. Computerexpert Tristan Suerink van Nikhef verwacht echter ook na deze maand nog aan rosetta@home te blijven rekenen. ‘Of andere projecten rond covid-19, we doen wat we kunnen.’
Het rekenwerk van het Nikhef-datacenter aan corona ligt in lijn met de wereldwijde inspanningen van ondermeer deeltjeslabs als CERN, die waar mogelijk expertise en apparatuur beschikbaar stellen voor de aanpak van de pandemie.
CERN coördineert inmiddels een breed programma op dit gebied, waarbij rekencapaciteit wordt aangeboden en onder meer ook beademingsapparatuur wordt ontwikkeld en gemaakt. Daarnaast stelt het inmiddels goeddeels gesloten lab in Genève bijvoorbeeld ongebruikte bedrijfswagens beschikbaar voor ziekenvervoer.
