Onderzoeksprogramma's hebben een bepaalde looptijd, maar experimenten lopen ook weer af. Het onderzoek loopt vaak wel nog even door voor de verwerking van onderzoeksdata.
Voor de start van de LHC was Nikhef ook betrokken bij onderzoek bij de Hadron Electron Ring Accelerator (HERA) bij DESY, Hamburg. Gedurende een periode van 15 jaar zijn twee experimenten uitgevoerd, ZEUS en HERMES. HERA werd in 2007 officieel gesloten.
Tot 2000 liepen bovendien vier experimenten bij de Large Elektron Positron versneller (LEP) op CERN, Genève. Nikhef nam deel aan twee experimenten, DELPHI en L3.
